Nouvelles souches du Coronavirus : Le plan national de surveillance génomique renforcé

Les nouvelles souches du Coronavirus, notamment les variants britannique et sud-africain, inquiètent les scientifiques. Pour surveiller leur arrivée au Maroc, le plan national de surveillance et de veille génomique, mis en place depuis le mois d'avril, a été renforcé. Les détails. 

Nouvelles souches du Coronavirus : Le plan national de surveillance génomique renforcé

Le 9 janvier 2021 à 13h25

Modifié 11 avril 2021 à 2h49

Les nouvelles souches du Coronavirus, notamment les variants britannique et sud-africain, inquiètent les scientifiques. Pour surveiller leur arrivée au Maroc, le plan national de surveillance et de veille génomique, mis en place depuis le mois d'avril, a été renforcé. Les détails. 

Lors d’un webinaire organisé jeudi 7 janvier par la Société marocaine des sciences médicales (SMSM), Abderrahman Maâroufi, directeur de l’Institut Pasteur, a dévoilé le plan national de surveillance génomique. 

Cinq principaux objectifs

Cette veille, qui est également effectuée par d’autres laboratoires au niveau national, a pour but de:

– dépister l’apparition ou l’introduction de nouvelles variantes génétiques de la Covid-19 sur le territoire national ;

– évaluer l’impact des mutations sur la transmissibilité et la sévérité du virus ;

– évaluer l’impact des mutations sur la performance des méthodes de diagnostic moléculaire, sérologique et antigénique ;

– évaluer l’impact des mutations sur l’efficacité vaccinale ;

– évaluer et confirmer les cas de réinfection avec la même souche virale ».

D’après M. Mâaroufi, « le protocole de ce plan national est simple. Il s’articule autour de trois approches :

– La première est relative à la détection et au suivi des mutations prioritaires. Pour ce faire, on a établi une liste des mutations les plus importantes qu’il faut surveiller, parce que c’est inutile de surveiller tout le génome et les mutations possibles »;

– Une fois qu’on détecte une de ces mutations prioritaires, on effectue une culture cellulaire virale pour pouvoir réaliser les différentes études d’impact, notamment les tests de virulence et d’infectivité, pour voir si le potentiel d’infectiosité a augmenté, diminué ou est resté inchangé, ainsi que l’étude de séroneutralisation, pour évaluer l’impact de cette mutation sur la structure du virus, ainsi que l’efficacité des anticorps fabriqués ou suscités par les virus;

– Ensuite, on procède au séquençage du génome complet pour avoir des données sur la signature complète de la mutation et avoir son profil général ». 

Les voyageurs internationaux particulièrement surveillés

M. Mâaroufi poursuit: « les séquençages réalisés par l’Institut Pasteur et par les autres laboratoires, se font sur un échantillon représentatif de différentes souches, qui viennent de différentes zones géographiques, à différentes périodes et avec un spectre de gravité de la maladie qui est différent (formes bénignes, formes graves…). »

Par ailleurs, « nous sommes informés sur toute suspicion de réinfection, le but étant de réaliser systématiquement le séquençage ». Dans le cadre de ce plan de veille pour détecter la variante anglaise ou d’autres souches mutantes, « nous avons mis en place un système de dépistage dans l’aéroport de Casablanca, pour tous les voyageurs internationaux, par le biais des tests antigéniques rapides. Les cas positifs sont envoyés pour confirmation par PCR et séquençage génomique ».

« Nous avons également demandé aux gestionnaires de l’épidémie dans les différentes régions du pays d’être alertés à chaque observation d’un cluster épidémique inhabituel, par son importance ou sa gravité, afin qu’on procède à un séquençage sur les souches qui y sont isolées ». 

Aucune mutation détectée au Maroc à fin décembre

Lors de ce webinaire, le directeur de l’Institut Pasteur a également présenté les premiers résultats de la veille réalisée jusqu’à fin décembre. Selon lui, ce plan de veille est activé depuis le mois d’avril. « Les premières analyses n’ont révélé aucune mutation significative depuis l’apparition de la mutation au Royaume-Uni ». Le travail a été intensifié durant le mois de décembre où « nous avons procédé au séquençage génomique d’une cinquantaine de génomes. Jusque-là, cette mutation n’a pas été détectée sur le sol marocain ».

« Il est important de continuer ce travail, puisque ce ne sont que des résultats intérimaires. Il est donc nécessaire de surveiller l’évolution du génome et des variants circulant au Maroc, en particulier chez les voyageurs internationaux afin d’étudier l’impact des mutations détectées sur le comportement des virus, à travers des études expérimentales ».

Le nouveau variant 1,5 fois plus contagieux

Lors de cette même rencontre, Dr. Robert Cohen, Président d’Infovac France, est, lui, revenu sur les priorités des variants britannique et sud-africain. Il a ainsi précisé que « le G614 (la nouvelle mutation britannique, NDLR), est 1,5 fois plus contagieux que le D614, la souche originale ». Les anglais ont également montré que cette nouvelle souche « se multiplie plus vite ». 

« Cette souche n’est pas plus pathogène », mais de par sa grande vitesse de transmission, implique plus de malades et plus de cas graves », a-t-il ajouté. 

Cette augmentation de la transmissibilité est expliquée par Dr. Cohen « par la charge virale du virus qui est plus élevée. Il y a plus de virus à transmettre entre un individu et un autre. Et plus cette pandémie se prolongera dans le temps, plus elle touchera de malades, plus il y aura de réplication, ce qui pourrait mener à l’apparition de nouvelles mutations », bien plus graves. 

Quant à la souche sud-africaine, détectée au mois d’octobre, elle inquiète davantage les scientifiques, « puisqu’elle survient en période d’été (en Afrique du Sud), le moment où la saisonnalité du virus fait que normalement on a moins de cas, alors que la courbe des personnes contaminées augmente » dans ce pays africain. Ces détails nous ont déjà été révélés dans un article précédent, par Pr. Tayeb Hamdi. 

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